Доцент Стефан Андреев работи главно в областта на османската дипломатика, палеография, епиграфика, историческа география; филигранология. Има изследвания и върху категориите население със специални задължения към османската държава. Автор е на около 100 научни публикации - монографии, студии, статии, справочници, преводи от османотурски език, редакции и рецензии.

Преподавал е в Шуменски университет “Епископ Константин Преславски”; Славянски университет в София; Пловдивски университет “Паисий Хилендарски”; Висш ислямски институт в София.

• Муфассал дефтерите от ХV - ХVІ век. (Палеографско дипломатическо и извороведско проучване), София, 1991, 245 с. + приложение. (непубликуван хабилитационен труд);
• Соколарството по Българското Черноморие през ХV - ХІХ век. София, 1982, 174 с. /съавтор Е. Грозданова/
• Българите през ХVІ в. София, 1986, 306 с. /съавтор Е. Грозданова/
• Из историята на рударството и металургията в българските земи през ХV - ХІХ в. София, 1993, 167 с. /съавтор Е. Грозданова/
• Джелепкешаните в българските земи през ХVІ - ХVІІІ в. По документи от наши и чужди архиви. София, 1998, 261 с. /съавтор Е. Грозданова/

• Водни знаци в османотурските документи. І. Три луни, София, 1983, /съавтор А. Велков/
• Речник на селищните имена и названия на административно-териториални единици в българските земи през ХV - ХІХ в. София, 2002, 302 с.
• Les Filigranes dans les Documents Ottomans. Couronne. Sofia, 2007

• Образци на съкращения в османските документи. 15 - началото на 20 в Годишник на Висшия ислямски институт, III, 2011, с. 185-192.
• Към въпроса за датирането на недатираните османски документи от 15 - 18 век Годишник на Висшия ислямски институт, I, 2009, с. 213-230.
• Синонимните конструкции в османотурските документи // Известия на Държавните архиви – 72, 1996, с. 3–46.

• Ottoman Documents on Balkan Jews: XVIth - XVIIth Centuries. Sofia 1990. /together with Vanco Boskov and Mark Epstein/